Çifte Minare Medresesi, 13. yüzyılda Anadolu Selçukluları tarafından inşa edilmiştir. Medresenin inşası, 1271 yılında tamamlanmıştır. Medrese, Selçuklu mimarisinin en güzel örneklerinden biri olarak kabul edilmektedir. Medresenin en dikkat çekici özelliği, iki minaresi olmasıdır. Bu nedenle medreseye "Çifte Minare Medresesi" adı verilmiştir.
Medresenin avlusunda, Selçuklu döneminden kalma birçok tarihi eser bulunmaktadır. Bu eserler arasında, taş oymacılığı ve ahşap oymacılığı örnekleri oldukça dikkat çekicidir. Medresenin avlusunda bulunan türbede, medresenin banisi olan Mevlana Şerefeddin Hüseyin'in türbesi yer almaktadır.
Medrese, 1924 yılına kadar eğitim kurumu olarak kullanılmıştır. 1924 yılında medrese kapatılmış ve müzeye dönüştürülmüştür. Günümüzde Çifte Minare Medresesi'nde, Anadolu Selçuklu dönemine ait birçok eser sergilenmektedir. Medresede ayrıca, el yazması kitaplar ve tarihi belgeler de yer almaktadır.
Çifte Minare Medresesi, Sivas'ın en önemli tarihi mekanlarından biridir. Her yıl binlerce turist tarafından ziyaret edilen medrese, Anadolu Selçuklu mimarisinin ihtişamını gözler önüne sermektedir.